In den Jahren 2014 und 2015 kam es aufgrund von Faulprozessen während der Abwasserbehandlung zu ausgeprägten Geruchsemissionen in der Umgebung der ARA Rhein. Die installierten Abluftreinigungsanlagen konnten die auftretenden Gerüche nicht ausreichend mindern. Die ARA Rhein hat nach einer vertieften Untersuchung eine Abluftverbrennungsanlage installiert und Ende 2016 erfolgreich in Betrieb genommen. Seit Inbetriebnahme dieser Anlage sind aus der Bevölkerung keine Geruchsklagen mehr eingegangen.
Anlässlich der behördlichen Abnahmemessung konnte festgestellt werden, dass die Abluftverbrennungsanlage alle gesetzlichen Grenzwerte der Luftreinhalte-Verordnung einhält und die installierten Messgeräte zur kontinuierlichen Überwachung der Abluft korrekt funktionieren. Die Anlage wird alle drei Jahre messtechnisch kontrolliert.
Um die Wirksamkeit der neuen Abluftreinigungsanlage auch hinsichtlich der Geruchsminimierung zu bestätigen, hat die ARA Rhein beim Institut für Umwelt- und Verfahrenstechnik der Hochschule für Technik in Rapperswil (UMTEC) eine Geruchserhebung in Auftrag gegeben. Eigens geschulte Probanden werden von Mai bis Oktober an verschiedenen Tagen und zu verschiedenen Zeiten (auch nachts) an zuvor definierten Standorten die aktuelle Geruchssituation beurteilen und protokollieren. Diese Standorte befinden sich rund um die ARA Rhein im Gebiet Schweizerhalle sowie in verschiedenen Wohngebieten im Raum Pratteln. Das Lufthygieneamt beider Basel begleitet die Geruchserhebungen und wird sie nach Vorliegen des Berichts beurteilen.