Sein Vorgänger Thierry Moosbrugger beginnt zum gleichen Termin seine Arbeit als Ombudsmann des Kantons Basel-Stadt. Anders als Moosbrugger, der in der Fachstelle katholisch bl.bs für die Katholischen Seelsorgenden in Basel-Stadt und Basel-Land kommunizierte, kann sich Stöcklin auf die pastorale Kommunikation in Basel-Stadt konzentrieren. In einer neu geschaffenen Stabsstelle für den Pastoralraumleiter wird er für alle basel-städtischen Pfarreien, Spezialseelsorgestellen, Gemeinschaften und Dienste kommunizieren und diese in der Kommunikation beraten und begleiten. Als Nicht-Theologe soll Stöcklin dabei weiterhin kirchliche Themen in die Gesellschaft tragen und auch für ein kirchenferneres Publikum verständlich machen.
Stöcklin war zuletzt während knapp 17 Jahren als Leiter Kommunikation/ Polizeisprecher des Kantons Basel-Landschaft tätig und engagiert sich zudem seit Jahren stark in der regionalen Sportszene mit Schwergewicht Handball. Seit Ende 2016 ist er ehrenamtlicher Geschäftsführer des RTV 1879 Basel.